W historii Polski wielokrotnie spotykaliśmy się z pojęciem "Kulturkampfu". Prześladowania Polaków ze strony Niemców, szczególnie na podłożu kulturowym, oświatowym, miały stać się także jedną z wytycznych hitlerowskiej polityki względem terytoriów okupowanych po kampanii wrześniowej 1939 roku. Wydaje się, że to nie zdobycze terytorialne były głównym założeniem niemieckiej operacji przeciwko Polsce. Hitlerowska maszyna militarna chciała po prostu rozprawić się z przeciwnikiem, który od setek lat grodził Rzeszy drogę na wschód. Sam Adolf Hitler na odprawie dowódców w Obersalzbergu 22 sierpnia 1939 roku powiedział: "celem wojny nie jest osiągnięcie określonej linii, lecz fizyczne zniszczenie przeciwnika". Słowa te stać się miały zwiastunem czarnych dni polskiego społeczeństwa, które z brunatną okupacją borykać miało się przez blisko sześć lat. Eksterminacja narodu polskiego była zatem jedną z głównych idei hitlerowskiej wizji nowego ładu w Europie. Na pierwszy ogień mieli pójść ci, którzy najbardziej odznaczyli się dla Rzeczypospolitej, niejako serce i umysł kilkunastomilionowego narodu. W związku z tym dygnitarze hitlerowscy przygotowali się przede wszystkim do zlikwidowania elity umysłowej II Rzeczypospolitej. Akcje fizycznego wyniszczania inteligencji przeprowadzone zostały w wielu etapach i nadano im rozmaite kryptonimy (m.in. "Intelligenzaktion","Akcja A-B"). Wśród nich ważne miejsce zajmował plan unicestwienia elity umysłowej Krakowa, niejako ośrodka polskiej kultury i nauki. Dlatego też już od pierwszych dni kampanii wrześniowej Niemcy wykazywali spore zainteresowanie działalnością Uniwersytetu Jagiellońskiego, centrum krakowskiej nauki działającego nieprzerwanie od założenia Akademii Krakowskiej, czyli roku 1364.

Można powiedzieć, iż Kraków miał wiele szczęścia podczas kampanii wrześniowej. Walki ominęły miasto, a siły Wojska Polskiego pozostawiły je niebronione. Umożliwiło to wkroczenie do Krakowa armii gen. Lista w dniu 6 września 1939 roku. Walki nie rozgorzały, co uratowało wiele bezcennych zabytków i dzieł sztuki rozmieszczonych na całym obszarze niegdysiejszej stolicy Polski. Część profesorów uniwersyteckich zdecydowała się przedostać na wschód. Niektórzy weszli w skład walczących jeszcze jednostek Wojska Polskiego. Większość jednak powróciła do Krakowa w ciągu dwóch najbliższych miesięcy. Początkowo okupacja miała dość łagodny charakter. Wprawdzie w mieście zaroiło się od niemieckich żołnierzy i szybko rozpoczęły tutaj instalowanie nowe organy administracyjne, jednakże póki co hitlerowcy nie decydowali się na rozprawę z mieszkańcami, a przede wszystkim tutejszymi naukowcami. Incydent aresztowania dziesięciu profesorów, którzy podjęli się współpracy z ks. metropolitą Sapiehą został szybko zapomniany wobec zwolnienia więzionych. Jeszcze we wrześniu normalne prace rozpoczęła Polska Akademia Umiejętności, co dla wykładowców uczelni było rzeczą normalną, nawet w dobie okupacji. Nie spodziewano się, iż Niemcy mogą mieć coś przeciwko wznowieniu nauczania. Polacy nie zdecydowali się także na wywiezienie z Krakowa dorobku materialnego uczelni, ufając, iż Niemcy, którzy uważali się przecież za naród oświecony, uszanują chęć Polaków do poszerzania horyzontów. Jeszcze we wrześniu, choć w uczelnianych budynkach wielokrotnie pojawiali się niemieccy żołnierze, atmosfera była całkiem dobra, a polskich profesorów i przedstawicieli uczelnianych Niemcy traktowali z kurtuazją i życzliwością. Rektor Uniwersytetu Jagiellońskiego, prof. Lehr-Spławiński, porozumiał się z nowym niemieckim burmistrzem miasta Zörnerem oraz komendantem wojskowym Krakowa mjr von Höbertem, który sam przybył do rektora z wizytą. Dzięki nowym znajomościom udało się usunąć niemieckich żołnierzy z budynków UJ. Niestety, jak wspomina Lehr-Spławiński: "W ostatnim tygodniu października zjawiła się policja. Były już poważne kłopoty w związku z ponownym zajmowaniem sal, plątaniem się oficerów policji po zakładach naukowych i bibliotekach. Wreszcie, bodaj 3 listopada, zjawił się u mnie w rektoracie oficer Gestapo z listem zapraszającym mnie do Obersturmbannführera Müllera na rozmowę w sprawach uniwersyteckich". Nazajutrz doszło do spotkania przy ul. Pomorskiej. Wprawdzie dyskusję toczono w dość miłej atmosferze, jednakże niepokój profesora budziło momentami dość ostre zachowanie oficera Gestapo. Müller nakazał rektorowi zwołanie zebrania profesorów na dzień 6 listopada. Tematem spotkania miało być wyłożenie "niemieckiego punktu widzenia w sprawie nauki i szkół akademickich". W tym czasie trwały już ostatnie przygotowania do zainaugurowania nowego roku akademickiego. Senat uczelni wyznaczył na 4 listopada uroczyste nabożeństwo otwierające nowy rok. Zajęcia miały się rozpocząć z dniem 13 listopada. Celowo ustawiono ich początek na dzień po 11 listopada, aby uniknąć komplikacji w związku ze spodziewanymi demonstracjami patriotycznymi w dniu polskiego święta narodowego. Senat obawiał się, iż ewentualne wystąpienia mogłyby się obrócić przeciwko Uniwersytetowi Jagiellońskiemu. Nikt nie chciał prowokować Niemców, których plany względem uczelni wciąż były nieznane. Senat nie podejrzewał, iż jego decyzja o rozpoczęciu normalnych zajęć stanie się pretekstem dla rozpoczęcia kampanii przeciwko profesorom uczelni. Władze uniwersytetu kierowały się bowiem przekonaniem, iż dotychczasowe działania niemieckie nic nie mówią o zakazie podjęcia nauki. Co więcej, Niemcy gwarantowali poszanowanie norm prawa międzynarodowego. Ostatecznie 31 października podjęto tragiczną w skutkach decyzję. Za otwarciem nowego roku akademickiego przemawiał fakt powrotu ze wschodu większości profesorów oraz obawa, iż wszystkie budynki mogą zostać zajęte przez wojsko niemieckie, a sprzętom grozi zarekwirowanie. Wypełnienie sal studentami miało odwlec niemiecką interwencję. Wreszcie nadszedł 6 listopada 1939 roku, kiedy to Müller miał wygłosić swój pamiętny Vortrag.

Wieść o spotkaniu szybko obiegła profesorów krakowskich uczelni. Większość z nich, aby nie narażać na szwank reputacji rektora, postanowiło udać się na spotkanie, choć nie w smak im było, iż oficer Gestapo ma im dyktować warunki. Co ciekawe, inicjatywy uczestnictwa w konferencji podjęło się kilku emerytowanych profesorów, którzy swoją obecnością chcieli podkreślić wagę sytuacji. Spotkanie miało się odbyć o 12.00 w sali nr 66 budynku Collegium Novum. Kilku profesorów zdążających na konferencję spostrzegło rozmieszczone w okolicy patrole policjantów. To wzbudziło uzasadniony niepokój, jednakże obserwatorzy uznali to za przykry zbieg okoliczności. Mimo to niekorzystne wrażenie pozostało. Mgr Stanisław Urbańczyk nie dotarł do sali, po drodze zatrzymano go. Jak wspomina: "Wyobraziłem sobie, że policja chroni miejsce odczytu ze względu na Müllera". Jakież było jego zdziwienie, gdy kazano mu stanąć pod ścianą, plecami do policjantów, wśród kilkunastu innych zatrzymanych tego dnia. W niedługi czas po tym zobaczył maszerujących profesorów, do których dołączono i jego. Dopiero w aucie wiozącym go w nieznanym kierunku dowiedział się, co zaszło w budynku Collegium Novum. Przykrą przygodę mieli profesorzy Jan Gwiazda i Jerzy Lande, którzy zostali zatrzymani przed budynkiem przez niemieckich policjantów. W konsekwencji odprowadzono ich nie do sali wykładowej, lecz do policyjnego wozu. Punktualnie o 12.00 do sali wykładowej nr 66 wkroczył Müller. Szmery rozmawiających z podnieceniem profesorów ucichły. Spotkanie trwało dość krótko i w zasadzie sprowadziło się do monologu butnego Niemca. Wspominający po latach profesorowie odtworzyli słowa Obersturmbannführera (według relacji prof. Fryderyka Zolla): "Uniwersytet tutejszy rozpoczął rok akademicki nie uzyskawszy uprzednio pozwolenia władz niemieckich. Jest to zła wola. Ponadto jest powszechnie wiadomo, że wykładowcy byli zawsze wrogo nastawieni wobec nauki niemieckiej. Z tego powodu wszyscy obecni, z wyjątkiem trzech obecnych kobiet, będziecie przewiezieni do obozu koncentracyjnego. Jakakolwiek dyskusja, a nawet jakakolwiek wypowiedź na ten temat jest wykluczona. Kto stawi opór przy wykonywaniu mego rozkazu będzie zastrzelony". We wspomnieniach innych pracowników UJ zwraca uwagę fakt użycia słowa "Gefangenenlager" - "Obóz jeńców" (m.in. prof. Władysław Konopczyński). Tak czy inaczej aresztowanie profesorów nastąpiło bardzo szybko. Müller klasnął w ręce i bardzo szybko w sali zaczęli pojawiać się uzbrojeni policjanci, którzy oczekiwali na ten moment w korytarzach. Nie pozwolono nikomu na żadne słowa protestu, a cała akcja wyprowadzania przeprowadzona została w sposób bardzo brutalny. Rektor Stanisław Estreicher został kopnięty i spoliczkowany, ponieważ chciał się obrócić, rektora Zolla uderzono kolbą. Wszystkich pracowników uczelni zrewidowano, szukając zapewne broni. Profesorów wyprowadzano dwójkami i pakowano do ciasnych aut policyjnych. Następnie przewieziono ich do więzienia wojskowego przy ul. Montelupich. Tam sformowano trzy odrębne grupy - 80, 70 i blisko 70-osobową, które rozmieszczono w kaplicy, świetlicy i bożnicy. Wieczorem więźniów poczęstowano kawą i chlebem. Rano nastąpiła kolejna zmiana miejsce zakwaterowania. Około dziewiątej załadowano transport i przeniesiono aresztowanych do koszar 20. pułku piechoty na ul. Mazowieckiej. Tam rygor trochę zmalał, ponieważ straż sprawowali łagodniejsi Austriacy. Pracownicy uczelni nareszcie mogli się trochę ogarnąć, porozmawiać. Ulokowano ich w dziesięciu salach i nie zabroniono kontaktów pomiędzy poszczególnymi pomieszczeniami. Tam sporządzono listę obecności, na którą trafiły 184 nazwiska. Wśród aresztowanych znalazły się także osoby przypadkowe. Ale trzon więźniów stanowili pracownicy Uniwersytetu Jagiellońskiego, obok nich znaleźli się tam przynależni do Akademii Górniczej oraz Akademii Handlowej. Władysław Konopczyński wylicza, iż w Collegium Novum aresztowano: "rektorów aktualnych lub byłych 18, dziekanów i prodziekanów (jw.) 50, profesorów UJ honorowych, zwyczajnych i nadzwyczajnych (razem z rektorami i dziekanami) 75, docentów 27, asystentów 26, lektorów 8". Jan Zaborowski i Stanisław Poznański sporządzili listę aresztowanych w gmachu UJ w dniu 6 listopada 1939 roku:
Archutowski Józef
Banachiewicz Tadeusz
Batowksi Henryk
Bednarski Stefan
Bernard Henryk
Bielecki Adam
Bielski-Sariusz Zygmunt
Biliński Tadeusz
Birkenmajer Aleksander
Bolewski Andrzej
Bolland Arnold
Borkowski Janusz
Bossowski Franciszek
Brożęk Mieczysław
Brzezicki Eugeniusz
Budryk Witold
Bulas Kazimierz
Bystrzonowski Antoni
Chodzicki Edward
Chromiński Edmund
Chrzanowski Ignacy
Ciechanowski Stanisław
Czarnocki Stefan
Czopiwski-Feszczenko Iwan
Czyżewski Mikołaj
Dadak Józef
Dawidowski Roman
Dąbrowski Jan
Doborzyński Dobiesław
Dobrowolski Kazimierz
Dobrowolski Tadeusz
Drozdowski Jerzy
Dziewoński Karol
Dziurzyński Tadeusz
Estreicher Stanisław
Estriecher Tadeusz
Frančič Vilim
Fudakowski Józef
Garbowski Tadeusz
Gaweł Antoni
Gąsiorowski Stanisław
Glemma Tadeusz
Gołąb Józef
Gołąb Stanisław
Górski Franciszek
Grodziński Zygmunt
Gwiazdomirski Jan
Hajdukiewicz Lech
Hammer Seweryn
Hano Józef
Harassek Stefan
Hendzel Franciszek
Heydel Adam
Hoborski Antoni
Hołda Józef
Hoyer Henryk
Jachimecki Zdzisław
Jakóbiec Juliusz
Janik Stanisław
Jaskólski Stanisław
Jeżewski Mieczysław
Kaczmarczyk Józef
Kamecki Julian
Kamieński Bohdan
Kamykowski Ludwik
Kleczkowski Adam
Kocwa Aleksander
Kołaczkowski Stefan
Komornicki Stefan
Konopczyński Władysław
Korbel Stanisław
Kostanecki Kazimierz
Kostrzewski Józef
Kostyal-Gatty Marek
Kowalski Tadeusz
Kozak Jan
Krupkowski Aleksander
Kruszyński Tadeusz
Krzemieniecki Jan
Krzyżanowski Adam
Krzyżanowski Witold
Kutrzeba Stanisław
Lande Jerzy
Leja Franciszek
Lepszy Kazimierz
Leszczycki Stanisław
Leśnodorski Bogusław
Lewkowicz Ksawery
Listowski Anatol
Ludkiewicz Adam
Łoziński Paweł
Łukasik Stanisław
Majcher Józef
Majewicz Stanisław
Majewski Kazimierz
Malaga Stanisław
Małecki Mieczysław
Marchlewski Teodor
Maziarski Stanisław
Metallmann Joachim
Meyer Antoni
Michalski Konstanty
Michalski Marian
Mikucki Sylwiusz
Mikulski Franciszek
Mikulski Józef
Milewski Tadeusz
Miodoński Jan
Moszew Jan
Mysłakowski Zygmunt
Nitsch Kazimierz
Nodzyński Józef
Nowak Jan
Ormicki Wiktor
Oszacki Aleksander
Ottmann Włodzimierz
Pazdro Kazimierz
Piech Kazimierz
Piekara Arkadiusz
Piętka Czesław
Pigoń Stanisław
Piotrowicz Ludwik
Piwarski Kazimierz
Prawocheński Roman
Przybyłkiewicz Zdzisław
Ręgorowicz Ludwik
Robel Jan
Rogoziński Feliks
Różański Adam
Salamucha Jan
Sarna Zygmunt
Sawicki-Stella Izydor
Schmidt Stefan
Semkowicz Władysław
Siedlecki Michał
Sieppel Ludwik
Skimina Stanisław
Skowron Stanisław
Smoleński Jerzy
Spławiński-Lehr Tadeusz
Stanisławski Jan
Starachowicz Zygmunt
Starmach Karol
Staronka Wilhelm
Starzewski Maciej
Sternbach Leon
Stępień Stanisław
Stępowski Bronisław
Stołyhwo Kazimierz
Studniarski Jan
Supniewski Janusz
Swaryczewski Antoni
Szczotka Stanisław
Szumowski Władysław
Szydłowski Tadeusz
Takliński Władysław
Tempka Tadeusz
Tochowicz Leon
Turski Stanisław
Urbańczyk Stanisław
Wachholz Leon
Walter Franciszek
Ważewski Tadeusz
Wicher Władysław
Wilk Antoni
Wilkosz Witold
Windakiewicz Edward
Winid Walenty
Włodek Jan
Wojtusiak Roman
Wolski Józeg
Wolter Władysław
Zabłocki Jan
Zalewski Feliks
Zawadzki Longin
Zechenter Adam
Zerndt Jan
Ziłyński Jan
Zoll Fryderyk
Zubrzycki January
Żabiński Albin

Co oczywiste, aresztowanie wzbudziło duży niepokój pracowników umysłowych Krakowa. Wydawało się im nieprawdopodobne, iż Niemcy chełpiący się własnymi sukcesami na polu nauki mogli zachowywać się w tak barbarzyński sposób. Rozgorzały więzienne dyskusje na temat przyszłych losów aresztowanych. Co bardziej pesymistycznie nastawieni spodziewali się najgorszego. Nie brakowało też optymistów, którzy dopatrywali się w "Sonderaktion Krakau" pomyłki lub oczekiwali na rychłe zwolnienie lub interwencję innych naukowców. Wieść o aresztowaniu szybko obiegła świat i spowodowała falę protestów ze wszystkich stron. Co ciekawe, nawet sojusznik III Rzeszy, Benito Mussolini, zdecydował się skrytykować akcję i rozpoczął starania o uwolnienie ponad setki uczonych. Rzeczywiście, zwolnienia następowały stopniowo. Spośród aresztowanych wolność odzyskali chociażby Zoll, Ziłyński, Wilkosz czy Ciechanowski. Po trzech dniach pobytu na Mazowieckiej nastąpił kolejny transport aresztowanych. Tym razem zapakowano ich do pociągu starego typu. Obładowani kocami i pakunkami więźniowie wieczorem dotarli do Wrocławia. Niemieckiego Breslau. Tam ponownie aresztantów podzielono na grupy i skierowano ich w różne miejsca. Wrocławska niewola trwała stosunkowo długo. Niektórzy z profesorów mieli nadzieję, iż ich koledzy z pobliskiego uniwersytetu dowiedzą się o tułaczce i wstawią za aresztowanymi. Niestety, koledzy po fachu, nie zdecydowali się na zorganizowanie akcji przeciwko prześladowaniom krakowskiej inteligencji. W. Konopczyński wspomina pobyt w więzieniu wrocławskim jako rutynę - rankiem pobudka, stałe pory dostarczania żywności i wypróżniania pojemnika na odchody. Niemcy mieli tam nawet małą biblioteczkę, którą udostępniono aresztantom. Niestety, nie dostarczono im papieru, niezbędnego w pracy naukowej. Profesorowie musieli szukać każdej możliwej okazji, aby przelać swoje myśli na z trudem odzyskiwane kulki papieru. Co bardziej aktywni, prowadzili w celach gimnastykę. 24 listopada zapowiedziano wyjazd i wreszcie 27 listopada profesorowie opuścili więzienie i ponownie znaleźli się w transporcie kolejowym. Na drogę dano im chleb i kawałek wędzonki. Pakowano uczonych po dziesięciu do przedziału i zakazano wyglądać przez okna. W każdej grupie wyznaczono dwóch ludzi przewidzianych do rozstrzelania na wypadek prób niesubordynacji kolegów. Tym razem pociąg skierowano na północny-zachód. Co bardziej spostrzegawczy, dostrzegli nazwę jednej ze stacji, Legnicy. To wskazywało na obranie kursu na kierunku Berlina. Ale postój w Berlinie nie zakończył przymusowej wędrówki uczonych. Pociąg udał się dalej, tym razem zatrzymując w Oranienburgu, gdzie rozmieszczony był jeden z pierwszych obozów koncentracyjnych III Rzeszy, Sachsenhausen. Wielu z profesorów niewiele mówił napis witających przybyłych. Innymi wiedzieli, gdzie dojechali.

W dniu przybycia krakowskich uczonych w Sachsenhausen padał gęsty śnieg. Przenikliwe zimno dawało się we znaki co starszym profesorom. Kilku nie wytrzymywało trudów podróży. Ze sformowanej kolumny co i rusz ktoś upadał i nie miał sił kontynuować pochodu. Prof. Takliński kilkukrotnie musiał wspierać się na pomocnych dłoniach kolegów. Wreszcie grupa dociera do obozowej bramy, gdzie umieszczono prześmiewczy napis: "Arbeit macht frei". Uczonych zgromadzonych na placu wita SS Hauptscharfführer Gustav Sorge, w typowy dla siebie, obelżywy sposób. Następnie grupa gromadzi się w baraku, gdzie uczonym ogolono głowy i przydzielono specjalne numery. Ubrania zarekwirowano, księżom odebrano brewiarze i podarto je na strzępy. Oprawcy znęcali się także nad duchownymi. Dr Kazimierz Lepszy poprosił o możliwość zachowania krzyżyka, który miał przy sobie. Trzykrotnie nakazano mu pocałowanie symbolu i trzykrotnie spoliczkowano go przy tym. Następnie krakowian zakwaterowano w barakach 45 i 46, wraz z przybyłymi z Westfalii Polakami. Warunki, w jakich przebywali były fatalne - drewniane baraki były nieszczelne, więźniom doskwierało zimno. Budynki dzieliły się na skrzydła A i B, w których znajdowały się sypialnie, pokoje dzienne, wychodki i umywalnie. Niemcy organizowali codziennie uciążliwe apele, których głównym celem było dręczenie pojmanych. Pracownicy krakowskich uczelni szybko zorganizowali się w obozie. Młodsi pomagali starszym profesorom, którzy nie byli w stanie przetrzymać obozowego trybu życia. Niestety, szybko okazało się, iż niektórzy nie są w stanie dotrwać wyczekiwanego zwolnienia z obozu. Zaczęli podupadać na zdrowiu. Aby nie popaść w rutynę, uczeni rozpoczęli organizowanie odczytów i pogadanek z różnych dziedzin. Paradoksalnie, dopiero w niewoli niektórzy pracownicy mieli okazję się poznać i wymienić poglądami. Niektórzy znaleźli zapalonych słuchaczy, jeszcze inni pomoc niezbędną w prowadzonych przed wojną badaniach. Uniwersytecką pracę zakłócał tryb życia obozowego. Optymizmem nie nastrajał widok uzbrojonych SS-manów oraz zabudowań Sachsenhausen. Betonowe ogrodzenie, do tego drut kolczasty, wykluczały myśl o ewentualnej ucieczce. Traktowanie więźniów było brutalne, szczególnie tych, którzy mieli pochodzenie żydowskie bądź też zajmowali się teologią lub religią. Wśród tej grupy miejsce zajęli wykładowcy wydziału teologicznego oraz księża. Więźniów dzielono pod tym względem na grupy noszące specjalne oznakowanie. Tryb życia był mocno uciążliwy dla przybyłych do obozu krakowian. Nie wolno im było czytać ani posiadać książek, udostępnione gazety były mocno przesiąknięte niemiecką propagandą i wolne je było czytać tylko wieczorem, nabożeństw religijnych nie odprawiano. Według różnych relacji (m.in. Stanisława Maziarskiego) dzień więźnia rozpoczynał się o 5.30 pobudką. Następnie składano sienniki i koce i odbywano pospieszną toaletę. Następnie śniadanie. Od siódmej apel poranny, o jedenastej południowy. W południe obiad. Następnie, od szesnastej do siedemnastej, apel wieczorny i podwieczorek. O osiemnastej trzydzieści nocleg. Pomiędzy apelami czas pracy - więźniowie przydzieleni do Arbeitskommandos spełniają różne posługi, inni wykonują codzienne czynności. W nocy ewentualne skrobanie kartofli. Profesorów zwolniono od ciężkiej pracy, co było przejawem dobrej woli Niemców. W zamian za to ofiarowano im lżejsze czynności ograniczone do sprzątania bloków, umywalni i innych prac porządkowych. Najgorsze były apele, odbywające się w trudnych warunkach atmosferycznych. Kiepskie ubrania więzienne nie zapewniały ochrony przed mrozem. Za próby ucieczki karano dłuższym apelem. 18 stycznia cały obóz stał od 7 do 10 przy temperaturze minus trzydziestu stopni. Fatalne warunki szybko doprowadziły do fizycznego wyniszczenia pierwszych organizmów. 24 grudnia zmarł prof. Antoni Meyer, z Akademii Górniczej. Zachorował na raka żołądka i inni więźniowie nie byli w stanie utrzymać go przy życiu. Choroby zaczęły dopadać coraz większe rzesze więźniów z Krakowa. Niestety, lista zmarłych szybko wydłużała się. Gdy 8 lutego 1940 roku zwalniano pierwszą grupę więźniów, 12 spośród nich nie dożyło szczęśliwego dnia. Wśród nich znaleźli się:
Antoni Meyer - wykładowca Akademii Górniczej. Na zdrowiu podupadł już w listopadzie. Śmierć dosięgła go 24 grudnia 1939 roku.
Stanisław Estreicher - rektor Uniwersytetu Jagiellońskiego. Chorować zaczął podczas transportu do Sachsenhausen. Zmarł 29 grudnia 1939 roku.
Stefan Bednarski - lektor języka rosyjskiego. Chorować zaczął po przybyciu do obozu. Zmarł na zapalenie płuc 1 stycznia 1940 roku.
Jerzy Smoleński - profesor geografii UJ. Początkowo trzymał się dobrze, pod koniec grudnia dopadła do choroba. Zmarł 4 stycznia 1940 roku.
Tadeusz Garbowski - profesor filologii. Pobyt w obozie stopniowo nadwyrężał jego wątłe siły. 9 stycznia 1940 roku opuścił kolegów na zawsze.
Michał Siedlecki - profesor UJ, zoolog. Padł ofiarą apelu i zapalenia płuc. Zmarł 11 stycznia 1940 roku.
Kazimierz Kostanecki - profesor anatomii. Osiemdziesięcioletni uczony borykał się z różą w nodze, która była przyczyną jego śmierci. Zmarł 11 stycznia 1940 roku.
Feliks Rogoziński - profesor fizjologii i hodowli zwierząt. Nadwątlone zdrowie pogorszyło się jeszcze bardziej w Sachsenhausen. Zginął 10 stycznia 1940 roku.
Adam Różański - profesor inżynierii rolniczej. Po przybyciu do obozu jego stan szybko zaczął się pogarszać. Nie pomógł nawet pobyt w obozowym szpitalu, rewirze. Odszedł 16 stycznia 1940 roku.
Ignacy Chrzanowski - profesor honorowy literatury polskiej. Gorzej zaczął się czuć na początku stycznia. Nie pomógł pobyt w rewirze, choć tam jego stan zaczął się polepszać. Zmarł 19 stycznia 1940 roku.
Władysław Takliński - profesor mechaniki teoretycznej i wytrzymałości materiałów. Cierpiał na chorobę serca i być może to ona była przyczyną zgonu. Zmarł prawdopodobnie pod koniec stycznia lub na początku lutego.
Antoni Hoborski - profesor matematyki. Odmrożone palce były przyczyną gangreny, ta pociągnęła za sobą śmierć. Zmarł 9 lutego 1940 roku.

Lista zgonów nie zakończyła się tuzinem ofiar. Na początku lutego Niemcy, wobec protestów całego świata nauki, postanowili zwolnić z Sachsenhausen grupę więźniów krakowskich urodzonych przed 1900 rokiem. Następnie zwolnieni z obozu zostali jeszcze Aleksander Birkenmajer, Jan Harajda, Zdzisław Jachimecki, Franciszek Leja, Józef Majcher, Joachim Metallmann, Marian Michalski, Jan Miodoński, Jan Salamucha, Władysaław Semkowicz, Kazimierz Stołyhwo. Wreszcie w marcu 43 pozostałe na miejscu osoby wywieziono do innego obozu, Dachau.

Przeniesienie do obozu w Dachau było kolejnym etapem wędrówki pracowników krakowskich uczelni. Teraz w areszcie pozostawała już tylko krakowska "młodzież", co spowodowało, iż włączono ich do normalnych zajęć obozowych. Na szczęście udało się Polakom uniknąć ciężkich i wyniszczających czynności, gdyż podjęli się pracy w cieplarni. Wprawdzie pracowali fizycznie, jednakże tam nie groziło im niebezpieczeństwo. Co więcej, już w kwietniu dostali się pod osobistą komendę SS-mana Paula Neumanna, który zorganizował placówkę naukową na terenie obozu Dachau i zatrudnił tam krakowian. Neumann dał się poznać jako SS-man z ludzką twarzą i zapewnił uczonym odpowiednie traktowanie. Sam dbał o ich komfort i do końca swojej służby w obozie starał się pomagać Polakom. W późniejszym czasie jeszcze kilkukrotnie działał na korzyść profesorów, gdy ci powrócili już do Krakowa. 21 grudnia 1940 roku zwolniono z Dachau pierwszych sześciu uczonych. Wkrótce dołączyło do nich kolejnych trzech i wreszcie od 15 stycznia 1941 roku zwolniono niemal wszystkich i wysłano do Krakowa. W Dachau pozostał K. Piwarski, który do końca wojny przebywał w obozie. Po zakończeniu działań udało się mu powrócić do kraju. Do Polski nie wrócił J. Metallmann oraz W. Ormicki, uczeni żydowskiego pochodzenia. Metallmann zginął w Buchenwaldzie w 1942 roku, taki sam los spotkał Ormickiego, który życie zakończył w Mauthausen rok wcześniej.

Pierwsza grupa uczonych przyjechała do Krakowa jeszcze 8 lutego 1940 roku. Przybyłych powitano bardzo serdecznie, częstując herbatą i papierosami i zapewniając jako taki komfort. Z dworca uczonych zabrano na Montelupich, gdzie przeprowadzono badania lekarskie. Później mogli cieszyć się wolnością. Wymuszono na nich obietnicę, iż nie będą się dzielić informacjami na temat obozowego życia. Nie musieli, przemawiał za nich wygląd - wyniszczeni, wynędzniali byli cieniami ludzi, którzy w listopadzie wyjeżdżali z Krakowa. "Sonderaktion Krakau" nie spełniła swojej pierwotnej roli. Niemcom zależało na całkowitym wyniszczeniu polskiej elity. Pierwsza próba zlikwidowania krakowskiej inteligencji powiodła się tylko połowicznie, a to ze względu na protesty różnych narodów i presję dyplomatyczną. Mimo wszystko wielu z tych, którzy 6 listopada zostali aresztowani w budynku Collegium Novum, nie dożyło końca wojny i niemieckiej okupacji. Wielu ponownie aresztowano. Warto przy tym wspomnieć, iż kilkanaście wymienionych już ofiar było tylko częścią niechlubnego dorobku Sachsenhausen w stosunku do grupy krakowskich uczonych:
Leon Sternbach zginął w Sachsenhausen 22 lutego 1940 roku.
Stefan Kołaczkowski nie wytrzymał trudów obozowego życia i zmarł w tydzień po zwolnieniu, 17 lutego 1940 roku.
Antoni Wilk także nie był w stanie znieść wycieńczenia organizmu długotrwałym rygorem obozowym. Odszedł 17 lutego 1940 roku.
Jan Nowak, niecały tydzień przeżył na wolności. Zmarł 15 lutego 1940 roku.
Jan Włodek także tylko kilka dni cieszył się powrotem do Krakowa. Zmarł 19 lutego 1940 roku.
Franciszek Bossowski, wybitny profesor prawa rzymskiego na UJ, zmarł 3 maja 1940 roku.
Arnold Bolland został zwolniony 8 lutego 1940 roku, ale już 5 września tego samego roku opuścił ziemski padół.
Leon Wachholz zmarł przedwcześnie 1 grudnia 1942 roku.
Paweł Łoziński zmarł 17 lutego 1942 roku.
Kazimierz Piech zmarł 15 kwietnia 1944 roku.
Tadeusz Szydłowski zmarł 25 października 1942 roku.
Maciej Starzewski zmarł 14 grudnia 1944 roku.
Jan Kozak zmarł 11 lutego 1941 roku.

Nie był to jednak koniec tragicznej listy, bowiem śmierć na wskutek rozstrzelania, pobytu w obozie koncentracyjnym bądź działań zbrojnych ponieśli jeszcze - Marian Morawski, Józef Siemieński, Dobiesław Doborzyński, Włodzimierz Ottmann, Walenty Winid, Jan Alamucha, Adam Zdzisław Heydel, Józef Archutowski, Marian Gieszczykiewicz, Edward Windakiewicz, Władysław Bobek, Witold Klimkiewicz, Stefan Wodelski, Bronisław Jaroń, Bronisław Godziński, Czesław Münnich, Bonawentura Podhorodecki.

Uniwersytet Jagielloński szczególnie mocno ucierpiał podczas niemieckiej akcji przeciwko polskiej inteligencji. Zbrodnicza działalność hitlerowców okupiona została wielkimi stratami, zarówno wśród wojskowych, jak i wśród ludności cywilnej. III Rzesza nie była jednak w stanie oprzeć się koalicji alianckiej, w czym żywotny wkład miał naród polski. Jak się okazało, plany fizycznego wyniszczenia Polaków nie powiodły się, a inteligencja krakowska szybko przystąpiła do podziemnego działania przeciwko okupantowi, organizując chociażby funkcjonowanie tajnego nauczania, w tym również Uniwersytetu Jagiellońskiego. Pamięć o poległych w obronie nauki przetrwała oprawców i trwa po dziś dzień, czego wyrazem są coroczne obchody rocznicowe rozpoczęcia akcji "Sonderaktion Krakau" w dniu 6 listopada.